مهندسی بیوشیمی ترکیبی از دانش های مهندسی شیمی و بیوتکنولوژی است که به طراحی تجهیزات و نیز توسعه زیستفرایندها برای تولید محصولاتی از قبیل غذا، خوراک دام و طیور، دارو، پلیمر و همچنین کاغذ از مواد زیستی می پردازد. مهندسی بیوشیمی، علوم ریاضی، زیست‌شناسی و طراحی صنعتی را بههم پیوند داده است و طیف گستردهای از طراحی ها از جمله طراحی فرمانتورها و نیز مطالعه بهره‌برداری از آن‌ها را شامل می شود. مطالعه و درک واکنش های بیوشیمیایی و همچنین پدیده های انتقال، به خصوص انتقال جرم و انرژی مربوط به فرایندهای مختلف زیستی در صنایع گوناگون در مقیاس های بزرگ تولید محصول و نیز بهینه سازی بازده تولید محصول نهایی به همراه افزایش کیفیت آن هم از جمله وظایف مهندسان بیوشیمی است.
