امروزه باور اغلب صاحب‌‌نظران علم طبقه‌‌بندی موجودات زنده ‌‌بر این است که استناد به شباهت‌‌های ریخت‌‌شناسی به‌تنهایی منجر به داوری‌‌های نادرست دربارۀ روابط متصور بین موجودات زنده می‌‌شود، از این‌رو مقایسۀ داده‌‌های ریخت‌شناسی با نتایج آنالیزهای فیلوژنتیکی به‌دست آمده از مقایسه توالی‌‌های نواحی ژنومی و یا غیرژنومی، راهکار مناسبی برای حصول اطمینان از روابط بین موجودات زنده است. همۀ موجودات از یک جد مشترک تکامل یافته‌اند، فرایند‌های مختلف مؤثر در ایجاد گوناگونی، به تنوع امروزی منجر شده است. این مکانیزم‌ها شامل جهش‌ها، دو برابر شدن ژن‌ها، نوآوری ژنوم‌ها و تبادل ژنتیکی مانند نوترکیبی، بازآرایی و انتقال افقی ژن هستند. روش‌های فیلوژنتیکی شباهت‌های بین ژن‌ها را با فرض این‌که این ژن‌ها هم‌ساخت هستند (دارای جد مشترک) در نظر می‌گیرند.